Les autorités sanitaires françaises ont indiqué qu'un patient traité pour le virus Shamonda aux Hospices Civils de Lyon est décédé, dans le premier cas humain connu. Elles ont déclaré ne voir aucun risque pour la population générale à ce stade et avoir notifié l'Organisation mondiale de la santé ainsi que le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies.
Le ministère de l'Agriculture a décrit ce décès comme un cas exceptionnel concernant un patient sévèrement immunodéprimé. L'hypothèse principale est que le patient aurait pu être piqué par un moucheron du genre Culicoides dans l'est de la France, où le virus circulait parmi les animaux au printemps et à l'été 2026. Les autorités ont indiqué que les enquêtes déjà menées montraient que les complications cérébrales observées avant le décès du patient étaient très probablement liées à l'infection par le virus Shamonda. Les investigations cliniques, biologiques et épidémiologiques se poursuivent avec une expertise en santé humaine, animale et environnementale.
Les responsables ont déclaré que, malgré des décennies de circulation en Afrique et en Asie, aucun cas humain n'avait été documenté jusqu'à présent. Le virus Shamonda est un Orthobunyavirus transmis par des insectes qui touche principalement le bétail, en particulier les bovins, et se transmet par des moucherons piqueurs. Il a été détecté pour la première fois au Nigeria au milieu des années 1960 et a depuis été signalé de façon sporadique chez des bovins en Afrique de l'Ouest, de l'Est et australe, ainsi qu'au Japon.
Cet été a marqué la première détection du virus en Europe, y compris dans des élevages bovins en France. Des cas ont également été signalés dans le sud de l'Allemagne, en Suisse et aux Pays-Bas. En août, l'Agence britannique de la santé animale et végétale (Animal and Plant Health Agency) a indiqué que des bovins à Jersey présentaient des signes cliniques compatibles avec ceux rapportés ailleurs en Europe et que les tests s'étaient révélés positifs. L'agence a déclaré que cela confirmait la présence du virus dans les îles Britanniques et à proximité de la Grande-Bretagne, soulignant le risque d'une propagation plus large dans le nord-ouest de l'Europe.
Les bovins sont considérés comme l'hôte principal, bien que des infections sporadiques chez les petits ruminants et les équidés aient également été signalées en France au cours de la même période. Chez les bovins adultes infectés, les principaux symptômes sont la fièvre, la perte d'appétit, une diarrhée aqueuse ou molle et une gêne abdominale. Les vaches laitières infectées connaissent généralement une chute brutale de la production de lait.